Un arrêt de travail tombe parfois sans prévenir — une grippe carabinée, un accident domestique, un burn-out qui couve depuis des mois. Le problème n’est pas seulement médical : derrière la prescription du médecin, une série de démarches administratives s’enclenche, avec des délais précis à respecter sous peine de perdre une partie de ses indemnités. Mieux vaut savoir exactement quoi faire, dans quel ordre, et à qui s’adresser.
En France, le régime des arrêts maladie concerne plusieurs millions de salariés chaque année. Les règles varient selon la cause de l’arrêt, la durée, le statut du salarié et la convention collective applicable. Ce guide fait le point sur chaque étape, des premières heures jusqu’au retour au travail.
Les différents types d’arrêt de travail
Maladie ordinaire, accident du travail, longue maladie
Un arrêt pour maladie ordinaire couvre les pathologies sans lien avec l’activité professionnelle. L’arrêt lié à un accident du travail ou une maladie professionnelle ouvre des droits différents — et souvent plus favorables — en matière d’indemnités journalières. La longue maladie (ALD, affection de longue durée) relève d’un régime spécifique pris en charge à 100 % par l’assurance maladie pour les soins liés à la pathologie reconnue.
Voici les grandes catégories :
- Maladie non professionnelle : arrêt prescrit par tout médecin, délai de carence de 3 jours
- Accident du travail ou maladie professionnelle : pas de délai de carence, taux d’indemnisation plus élevé
- Maternité / paternité : congé distinct, régi par le Code de la sécurité sociale
- Longue maladie (ALD) : durée pouvant aller jusqu’à 3 ans d’indemnisation
✅ À retenir
La cause de l’arrêt détermine directement le montant des indemnités journalières et les démarches à suivre. Un accident du travail mal déclaré comme maladie ordinaire peut coûter plusieurs centaines d’euros au salarié.
🩺 Les démarches dans les 48 heures
Ce que le salarié doit faire immédiatement
Dès que le médecin prescrit un arrêt, le chronomètre tourne. Le volet 1 et 2 du formulaire Cerfa est envoyé à la Caisse Primaire d’Assurance Maladie (CPAM), le volet 3 à l’employeur. Ce délai légal est de 48 heures — le dépasser expose à une réduction des indemnités journalières versées par la Sécurité sociale.
Obtenir le certificat d’arrêt de travail (prescription papier ou télétransmission directe via ameli).
Par courrier ou remise en main propre dans les 48 heures. Certaines conventions collectives imposent un délai plus court.
Si le médecin n’a pas télétransmis lui-même, envoyer le formulaire papier à la caisse. La démarche est aussi disponible sur ameli.fr.
💰 Les indemnités journalières : montant et calcul
Les indemnités journalières (IJ) versées par l’assurance maladie ne couvrent pas intégralement le salaire. Le calcul de base retient 50 % du salaire journalier de référence, calculé sur les 3 derniers mois de salaire brut, plafonné au plafond de la Sécurité sociale. Pour un salarié au SMIC, cela représente environ 22 à 25 € par jour en 2024.
Conditions à remplir pour toucher des IJ :
- Avoir travaillé au moins 150 heures au cours des 3 mois précédant l’arrêt
- Avoir cotisé sur un salaire au moins égal à 1 015 fois le SMIC horaire au cours des 6 derniers mois
- Être affilié à la Sécurité sociale
3 jours
délai de carence pour un arrêt maladie ordinaire — aucune indemnité versée pendant cette période par la Sécurité sociale
Le délai de carence ne s’applique pas en cas d’accident du travail, ni lors d’une rechute ou d’un arrêt de longue durée dans certains cas. Beaucoup de conventions collectives ou d’accords d’entreprise prévoient un maintien de salaire qui compense ce délai : vérifier sa convention collective avant de paniquer.
Le rôle de l’employeur pendant l’arrêt
L’employeur n’est pas spectateur. Plusieurs obligations s’imposent à lui dès réception du volet 3 de l’arrêt.
- Établir une attestation de salaire transmise à la CPAM pour permettre le calcul des indemnités journalières
- Maintenir tout ou partie du salaire selon la convention collective (souvent 30 à 90 jours selon l’ancienneté)
- Ne pas contacter le salarié pour des motifs professionnels, sauf cas exceptionnel prévu par la loi
- Organiser, au retour, une visite de reprise auprès du médecin du travail si l’arrêt dépasse 60 jours
⚠️ À garder en tête
Un employeur ne peut pas licencier un salarié au motif de son arrêt maladie. En revanche, il peut lancer une procédure pour désorganisation de l’entreprise si l’absence prolongée rend indispensable un remplacement définitif. Ce cas reste encadré et contestable devant les prud’hommes.
Arrêt de travail et chômage : quelle situation ?
La question revient souvent : peut-on être en arrêt maladie et percevoir des allocations chômage en même temps ? La réponse est non — les deux régimes sont exclusifs. Si un demandeur d’emploi tombe malade, il doit déclarer son arrêt à France Travail dans les 48 heures. Les indemnités journalières de la Sécurité sociale remplacent alors les allocations chômage pour la durée de l’arrêt.
Trois situations fréquentes :
- Salarié en CDI en arrêt : indemnités CPAM + éventuel maintien de salaire employeur
- Demandeur d’emploi en arrêt : indemnités CPAM uniquement, suspension des allocations France Travail
- Fin de CDD suivie d’un arrêt : si l’arrêt commence avant la fin du contrat, les droits aux IJ sont maintenus même après la rupture
« En France, les arrêts maladie ont représenté plus de 280 millions de journées indemnisées en 2022, pour un coût de 15 milliards d’euros à la charge de l’Assurance Maladie. »
— Rapport de la CNAM, 2023
Contrôle et obligations pendant l’arrêt
Un arrêt de travail ne signifie pas liberté totale de mouvement. Le médecin peut prescrire des sorties autorisées (2 heures par jour, souvent entre 10 h et 12 h puis 14 h et 16 h) ou des sorties libres. Sans mention explicite sur l’arrêt, les sorties sont limitées aux plages horaires définies par la réglementation.
La CPAM peut mandater un médecin-contrôleur pour une visite à domicile. En cas d’absence injustifiée lors de ce contrôle, les indemnités journalières sont suspendues. L’employeur, lui, peut aussi demander une contre-visite médicale patronale via un médecin agréé — la décision du médecin ne modifie pas automatiquement l’arrêt prescrit, mais peut entraîner l’arrêt du maintien de salaire patronal.
💡 Notre conseil
Si votre médecin prescrit un arrêt avec sorties autorisées, conservez le double du document et notez vos déplacements. En cas de contrôle, la preuve que vous respectez les plages horaires vous protège de toute suspension d’indemnités.
Retour au travail après un arrêt
La reprise ne se fait pas toujours d’un coup. Plusieurs dispositifs existent pour faciliter le retour à l’emploi après un arrêt long.
- Temps partiel thérapeutique : reprendre à mi-temps tout en continuant à percevoir une partie des indemnités journalières — nécessite l’accord du médecin traitant, de la CPAM et de l’employeur
- Visite de pré-reprise : organisée par le médecin du travail avant la fin de l’arrêt pour anticiper un éventuel aménagement de poste
- Visite de reprise : obligatoire après un arrêt de plus de 60 jours pour maladie ordinaire, ou dès le premier jour après un arrêt pour maladie professionnelle ou accident du travail
Le salarié qui reprend son emploi sans passer par la visite de reprise obligatoire expose l’employeur à une faute — et se prive d’une protection en cas de rechute imputable au poste de travail. C’est une étape à ne pas sauter, même si on se sent parfaitement rétabli.
Questions fréquentes
Combien de temps peut durer un arrêt maladie en France ?
Un arrêt maladie ordinaire peut être renouvelé indéfiniment par le médecin, mais les indemnités journalières de la Sécurité sociale sont limitées à 360 jours sur une période de 3 ans (720 jours pour une affection de longue durée). Au-delà, si l’incapacité est reconnue comme permanente, le salarié peut basculer vers une pension d’invalidité.
Que se passe-t-il si je ne préviens pas mon employeur dans les 48 heures ?
Ne pas envoyer le volet 3 de l’arrêt à l’employeur dans le délai convenu (48 heures légaux, parfois moins selon la convention collective) peut entraîner la perte du maintien de salaire patronal pour la période de retard. Cela ne supprime pas les indemnités journalières de la CPAM, mais prive le salarié d’un complément souvent significatif.
Peut-on travailler pour un autre employeur pendant un arrêt maladie ?
Non. Exercer une activité professionnelle rémunérée pendant un arrêt de travail est interdit et constitue une fraude. La CPAM peut suspendre les indemnités journalières et réclamer le remboursement des sommes versées. L’employeur principal peut également engager une procédure disciplinaire pouvant aller jusqu’au licenciement pour faute.
Comment déclarer un arrêt maladie à France Travail quand on est au chômage ?
Un demandeur d’emploi en arrêt doit déclarer sa situation à France Travail dans les 48 heures, par courrier, espace personnel en ligne ou téléphone. Les allocations chômage sont suspendues dès le premier jour d’arrêt. La CPAM prend alors le relais avec des indemnités journalières, à condition que le demandeur d’emploi ait suffisamment cotisé lors de son dernier emploi.
Quelle est la différence entre indemnités journalières et maintien de salaire ?
Les indemnités journalières sont versées par l’Assurance Maladie et représentent environ 50 % du salaire brut de référence (90 % en cas d’accident du travail après le 28e jour). Le maintien de salaire, lui, est une obligation de l’employeur fixée par la loi ou la convention collective : il complète les IJ pour que le salarié touche une partie plus importante de sa rémunération habituelle, selon son ancienneté.